カウンターが設置できない

新しいLenny Server でカウンターを設置しようとしています。
使用しているプログラムはDream counter です。以前から使用していて手順は理解しているつもりでした。調べていくうちに、昨年3月に更新されてファイルの配置やコーディングが異なっていました。

ダウンロードしたファイルをサーバーにアップロードし、解凍しました。当然ディレクトリーはDream で解凍されます。お勧めのものは/count です。
Webmin を使用して、コピー&ペーストをし、名前を /count へ変更しましたが、Permission の割りつけの画面で Setgid □ files inherit group のチェックマークがオンになっていることを未確認のまま、755 に設定しました。
後刻、Homepage Builder のファイル転送で権限のグループ部分に x の代わりに s が付いていることに気がつきました。いままで気にも留めていなかったチェック項目ですが、Webadmin 1.480 から既定値になったのでしょうか。次回、Server 構築時に確認してみます。

続いて、本題はこちらです。
TerraPad を使用して、PC サイドで解凍した CGI ファイルを UTF-8 型式で保存したら、アップロード後に1行目の前に不明なキャラクターが3文字余分についてきます。当然ながら実行することができません。Shift-JIS や EUC-JP では文字は追加されません。

UTF-8 型式で保存したテキスト・ファイルはこのようになるのでしょうか?
FTP プログラムが自動的に処理をしてくれるのではないかと思っていますが、未解決です。

Upload したのち、サーバー側で最初の文字3文字を削除して使用中です。
(カウンターの設置は完了しています)