MT4.0から4.01へ変更する手順を確認しています。
テンプレートを初期化したのち、アーカイブのマッピングを yyyy/mm/entry_basename.html にセットした。具合が悪いので、 category/sub_category/entry_basename.html へ戻そうとしてもトップの index.html 上の各記事のリンク先が変更されないし、index.html のファイルの時刻が書き変わっていないので更新されていないと見える。
書き換えは、旧ファイルやフォルダーを削除してから再構築すると書き変わるので書き換えがされないわけではない。マッピングに合わせてフォルダーと各記事が作成されている。しかし、 index.html のリンク情報は変わらない。
何度目かで、フォルダーと index.html を削除したあと、マッピングを全て削除したのちマッピングを新規作成して保存したらリンク情報が変更されていた。index.html への書き込みに何らかの不具合がありそうですが、理屈が分っていないのでマニュアルに整理できないでいます。しばらく試行錯誤が続きそうです。